극한의 과학문명이 "불의 7일간"이라 불린 마지막 전쟁에서 거신병들에 의해 멸망하고 천년이 지난 시대.
각지에는 부해라 불리는 유독한 포자가 날려 인류는 점점 쇠퇴해 나가고 있었다.

바다에서 불어오는 바람의 도움으로 부해의 피해를 입지 않고 있던 바람계곡.
그곳에는 바람을 읽고 부해에서 사람들을 돌보며 살아가는 공주 나우시카가 있었다.
어느날 서쪽의 대왕국 토르메키아의 비행선이 바람계곡 근처에 추락하고,나우시카는 포로로 잡혀있던
페지타 왕국의 공주를 구해내지만 그녀는 "짐을 태워달라"고 부탁하고서 숨을 거둔다.
그리고 얼마 후, 토르메키아의 군사들이 바람계곡으로 쳐들어오고
나우시카와 바람계곡 사람들은 거대한 전쟁에 휘말리게 되는데.